In tutto il territorio in cui assicura la distribuzione di acqua potabile ed in altri due comuni, per un totale di 57 comuni gestiti, Acque S.p.A. cura anche il collettamento delle acque reflue domestiche , delle acque reflue industriali con particolari limiti di accettabilità e prescrizioni, delle acque reflue urbane, e la loro depurazione.
La rete fognaria è costituita da circa 3000 Km di canalizzazioni.
N° impianti di sollevamento della rete fognaria: 426 così suddivisi:
| Zona Pisa | n° 99 | Zona Empoli | n° 61 |
| Zona Pontedera | n° 86 | Zona Valdelsa | n° 50 |
| Zona Lucchese | n° 51 | Zona Valdinievole | n° 79 |
Lunghezza della rete fognaria (nera e mista):3081 Km così suddivisa:
| Zona Pisa | n° 895 | Zona Empoli | n° 275 |
| Zona Pontedera | n° 700 | Zona Valdelsa | n° 199 |
| Zona Lucchese | n° 250 | Zona Valdinievole | n° 348 |
Fanghi biologici prodotti e smaltiti : 25.876 tonn/anno così suddivisi:
| Zona Pisa | n° 6.675 | Zona Empoli | n° 4.286 |
| Zona Pontedera | n° 2.296 | Zona Valdelsa | n° 5.754 |
| Zona Lucchese | n° 483 | Zona Valdinievole | n° 2.772 |
